Colony Wars fut l'un des premiers jeu du genre à incorporer un scénario complexe organisé en arbre. C'est pour cela qu'une défaite n'est pas éliminatoire mais elle change le parcours que le joueur aura à faire. Seul l'accumulation de défaites de la part du joueur entraîne la défaite complète de la ligue ou une fin peu glorieuse. Il existe 5 fins différentes en tout.