Depuis des millénaires, la guerre secrète pour la possession du Saint-Graal se poursuit, connue de seuls quelques élus. Rin, une jeune mage, s'y prépare en invoquant son servant Archer, l'incarnation physique et spirituelle d'un héros légendaire qui combattra à ses côtés. Alliés à Shiro, un magicien impliqué contre son gré dans cette lutte, ils vont très vite découvrir que le jeune homme renferme un très lourd secret qui pourrait bien changer à jamais leur destinée et celle des forces qui s'affrontent pour la possession du Saint-Graal...