30 ans et 32 millions d'exemplaires vendus dans le monde, le petit robot revient pour des nouvelles aventures. Le sournois Dr Wily est de retour avec un nouveau plan machiavélique. Fort heureusement le Dr Light, génial inventeur de Mega Man, a trouvé le moyen d'augmenter les capacités de son robot justicier avec un puissant prototype, le "Double Gear System" permettant de ralentir le temps et de charger le surpuissant Mega Buster.